要注意调整适合细菌生长的温度在净水细菌的使用过程中，能有效地控制在较适宜的水温条件下，当然其发挥的效果也是较理想的。例如：光合细菌在23-29℃的范围内均能正常生长繁殖，当水温低于23℃时，它们的生长逐渐停滞，因此低于23℃的水中使用这类细菌效果较差。
3、提高低温季节对氨氮的去除能力，降低低温对硝化作用的影响。
2、降解水体中的氨氮、亚硝酸盐，对高浓度氨氮有很好的缓冲作用，协助其他微生物更好的适应环境，改善水质。
勿与消毒杀菌药剂同时使用为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌
减少水体中的碱性物质，增加酸性物质，降低pH值水体pH值升高的主要原因是水体中氨的含量较高，对这种情况，即使施用酸性物质(如草酸、乳酸、柠檬酸、盐酸等)，也只能是暂时控制
加速水体中有机物质的分解，减少和避免有机物沉积。
硝化细菌与亚硝酸菌是共生菌，能促进亚硝酸菌的生长，降低氨氮，减少水体中的碱性物质；另一方面，氨氮在硝化细菌的作用下向亚硝酸盐转化、亚硝酸盐向硝酸盐转化，这一过程是一个产酸的过程，产生硝酸。因此硝化细菌能减少水体中的碱性物质，增加酸性物质，降低PH值。硝化细菌降低PH值具有标本兼治的作用，且维持时间较长
要注意细菌之间的共容性若要同时放养不同的净水细菌应该注意细菌之间的共容性。如硝化细菌和光合细菌并不适合同时使用，因为它们净化水质的过程互有抑制作用，可能会降低其净化效果
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