勿与消毒杀菌药剂同时使用为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌
5、抑制有害菌生长，促进有益藻类生长繁殖，维持水体生态平衡。
3、提高低温季节对氨氮的去除能力，降低低温对硝化作用的影响。
要注意细菌之间的共容性若要同时放养不同的净水细菌应该注意细菌之间的共容性。如硝化细菌和光合细菌并不适合同时使用，因为它们净化水质的过程互有抑制作用，可能会降低其净化效果
4、提高硝化效率，保持水体系统硝化作用的长期稳定性。
加速水体中有机物质的分解，减少和避免有机物沉积。
2、降解水体中的氨氮、亚硝酸盐，对高浓度氨氮有很好的缓冲作用，协助其他微生物更好的适应环境，改善水质。
6、迅速从冲击负荷及突发性因素导致的脱氮作用混乱状态中恢复
要注意调整适合细菌生长的温度在净水细菌的使用过程中，能有效地控制在较适宜的水温条件下，当然其发挥的效果也是较理想的。例如：光合细菌在23-29℃的范围内均能正常生长繁殖，当水温低于23℃时，它们的生长逐渐停滞，因此低于23℃的水中使用这类细菌效果较差。
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